Il Dipartimento di Biologia delle Piante Agrarie è stato costituito nel 1987 per iniziativa dei Professori Francesco D’Amato ed Enrico Moschini, direttori, rispettivamente dell’Istituto di Genetica e di Orticoltura e Floricoltura.

Le due istituzioni avevano intrecciato nel passato una stretta collaborazione su importanti temi di miglioramento genetico, che aveva fatto emergere, nel personale delle due strutture, un'identità di vedute scientifiche e la consapevolezza della validità di una più approfondita cooperazione attraverso la costituzione di una struttura dipartimentale. Recentemente, con l’aggregazione dell'Area di Microbiologia Agraria, le competenze scientifiche del Dipartimento si sono ampliate permettendo così una maggiore interazione nelle varie tematiche di ricerca.

Il Dipartimento di Biologia delle Piante Agrarie si articola in quattro Aree tematiche: Genetica Agraria, Orticoltura e Floricoltura, Fisiologia Vegetale e Microbiologia. Ciascuna di esse ha una sede propria. L'Area di Fisiologia Vegetale è situata in Via Mariscoglio, l'Area di Genetica Agraria in Via Matteotti, l'Area di Microbiologia Agraria rimane collocata nella sede centrale della Facolta in Via del Borghetto, mentre l'Area di Orticoltura e Floricoltura è situata sul Viale delle Piagge ed è anche sede amministrativa del Dipartimento.

Il Dipartimento ha tre Biblioteche, aperte agli studenti, che, sebbene collocate nella sedi delle Aree di Genetica Agraria, di Orticoltura e Floricoltura e di Microbiologia appartengono, dal punto di vista organizzativo, alla Biblioteca di Facoltà.

Il Dipartimento di Biologia delle Piante Agrarie dell’Università di Pisa possiede una serie di laboratori, strutture sperimentali (serre, celle climatiche, terreni per parcelle sperimentali) e competenze ad altissimo livello nelle discipline della genetica agraria, industrie agrarie, chimica agraria e delle colture ortive e ornamentali che sono utilizzate oltre che per scopi didattici e di ricerca anche per svolgere servizi di consulenza e analisi per conto di enti privati e pubblici.

Il personale docente svolge la propria attività didattica nell'ambito dei corsi di studio organizzati dalla Facoltà e di quelli organizzati in collaborazione con la Facoltà di M.F.N (Scienze e Tecnologie per l’Ambiente) e con la Facoltà di Farmacia (Tecniche Erboristiche).

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