La laurea magistrale si tratta di un biennio specialistico al quale si può accedere solo dopo aver conseguito la Laurea di primo livello. La Laurea Magistrale fornisce allo studente una formazione di livello avanzato per l'esercizio di attività di elevata qualificazione professionale. Per conseguirla occorrono 120 crediti formativi. La Laurea Magistrale apre inoltre l’accesso ai Master di secondo livello

I Corsi di Laurea del Dipartimento di Scienze Agrarie, Alimentari e Agro-Ambientali dell'Università di Pisa sono:

Biotecnologie vegetali e microbiche (classe LM7)

Biosicurezza e qualità degli alimenti (intedipartimentale con Scienze Veterinarie LM7/LM70)

Produzioni agroalimentari e gestione degli agroecosistemi (classe LM69)
curriculum Produzioni Agroalimentari
curriculum Agricoltura Biologica e Multifunzionale

Progettazione e gestione del verde urbano e del paesaggio (classe LM69)